Rüeggisberg liegt auf 930 m ü. M., 14 km südlich der Kantonshauptstadt Bern (Luftlinie) und etwa in der Mitte zwischen Thun und Freiburg. Das Dorf erstreckt sich an aussichtsreicher Lage auf einer Geländeterrasse am Südabhang der Rüeggisbergegg, welche zu den Höhen des Längenberges gehört, über der Talfurche des Grüenibachs.

Die Fläche des 35,7 km² grossen Gemeindegebiets umfasst einen Abschnitt des voralpinen Hügellandes westlich der Aaresenke zwischen Bern und Thun. Das Gebiet weist eine grosse landschaftliche Vielfalt auf. Der nördliche Gemeindeteil liegt im stark reliefierten Einzugsgebiet des Schwarzwassers. Charakterisiert ist diese Landschaft durch die Kerbtäler des Bütschelbachs und des Schwandbachs, welche von zahlreichen Bächen aus kurzen Seitentälchen und Gräben gespeist werden. Zwischen diesen Tälern und Gräben befinden sich Hügelvorsprünge (so genannte Eggen) mit oft sehr steilen Hängen, die landwirtschaftlich schwierig zu bearbeiten und deshalb überwiegend mit Wies- und Weideland bestanden sind. Die westliche Abgrenzung bildet das tief in die Molasseschichten eingeschnittene Schwarzwassertal mit einem rund 100 bis 200 m breiten mit Schotter gefüllten Talboden, in dem sich der Fluss seine natürlichen Wege sucht.

Östlich einer Linie Rüeggisberg – Bütschelegg – Niedermuhlern ändert sich die Landschaftsgestalt abrupt zu abgerundeten, vom Eis des Aargletschers geschliffenen und überprägten Formen; sanft geneigte Höhen wechseln sich mit breiten Talmulden ab. Ganz im Osten reicht der Gemeindeboden bis an die Kante des Längenbergs oberhalb des Steilabfalls zum Gürbetal. Zu den Landmarken dieses nördlichen Gemeindeteils gehören die Bütschelegg (1056 m ü. M.), der Taanwald (998 m ü. M.), die Rüeggisbergegg (1047 m ü. M.) und der Riedhubel (910 m ü. M.).

Nach Süden erstreckt sich der Gemeindebann über die Talfurche des Grüenibachs, welche eine einfache Verbindung zwischen dem Schwarzenburgerland und dem Aaretal gewährleistet, auf die waldigen Höhen der Gibelegg (bis 1055 m ü. M.) und bis ins Tal der Biberzen. Auch hier liegt die westliche Grenze stets im Schwarzwassertal.

Weit im Süden befindet sich die Exklave Nünenenberg im Quellgebiet der Gürbe. Sie liegt in der Flyschzone der Gurnigeldecke und reicht vom Selibühl südwärts über die Quellbäche der Gürbe und die Alp Obernünenen bis auf die Kalkgipfel von Gantrisch (mit 2176 m ü. M. der höchste Punkt von Rüeggisberg) und Nünenenflue (2101 m ü. M.) und den dazwischen liegenden Leiterenpass. Von der Gemeindefläche entfielen 1997 4 % auf Siedlungen, 29 % auf Wald und Gehölze und 65 % auf Landwirtschaft; etwas weniger als 2 % war unproduktives Land.